1、预防病毒种类不同：4价疫苗和9价疫苗预防HPV病毒的种类不同，4价疫苗主要针对HPV6、11、16、18型这四种HPV病毒感染的预防。9价疫苗包含的比较多，包含例如HPV31、33、16、18、45、52型等九种HPV高危型病毒感染的预防；
2、适合接种的年龄不同：接种年龄有所不同，4价疫苗一般接种年龄是20-45岁，9价疫苗的接种年龄是16-26岁；
3、有效率不同：4价疫苗一般可以预防70%的宫颈癌的发生，还可以预防尖锐湿疣的发生，因为尖锐湿疣与HPV6、11型这两种低危型HPV病毒感染相关，9价疫苗可以预防接近90%的宫颈癌的发生。
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