三代指的是代扣代缴、代收代缴和委托代征，它们分别是税收法律、行政法规中规定的税收缴纳方式。代扣代缴是指单位或个人在支付款项时，代替税务机关从支付给纳税人的收入中扣留税款并向税务机关解缴。代收代缴则是在收取款项时，代替税务机关向纳税人收取税款并向税务机关缴纳。委托代征是由税务机关根据法律规定委托特定单位或人员在特定条件下代为征收零星、分散和异地缴纳的税款。
48号文对不同类型的三代行为规定了手续费的计算方法。代扣代缴税款的手续费比例为不超过代扣税款的0.5%，年度最高限额为70万元，超过限额部分不予支付。对于法律、行政法规明确规定手续费比例的，按照规定执行。例如，个税法第十七条明确规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。对于代收代缴车辆车船税，手续费比例不超过代收税款的1%，无限额。代收代缴证券交易印花税的手续费比例不超过代收税款的0.03%，年度最高限额为500万元。代收代缴其他税款的手续费比例不超过代收税款的1%。税务机关委托交通运输部门海事管理机构代征船舶车船税，手续费比例不超过代征税款的5%。税务机关委托代征人代征车辆购置税，每辆车支付15元手续费。税务机关委托代征人代征其他零星分散、异地缴纳的税收，手续费比例不超过代征税款的1%。
申请三代税款手续费的时间为每年的3月31日前，申请资料需提交给税务机关。如果因单位或个人自身原因未能按时提交申请，则视为自动放弃上一年度的手续费。各级税务机关应严格审核手续费申请情况，当年部门预算批复后，应及时支付“三代”税款手续费。如果代扣、代收扣缴义务人和代征人在年度内终止扣缴义务或代征关系，应在终止后3个月内向税务机关提交手续费申请资料，由税务机关办理手续费清算。
关于手续费的使用，不必须给个人，而是单位的内部分配问题。单位收到的手续费，属于增值税应税收入，应按6%的税率缴纳增值税。手续费也属于所得税应税收入，应按相关规定缴纳所得税。税务机关对三代的管理包括不得扩大未明确规定的代扣代缴、代收代缴义务范围，不得将已确定的代扣代缴、代收代缴税款委托他人代征，应办理登记手续，同时支付比例只能比标准低。
企业需要关注的问题是依法履行三代义务、及时申请手续费以及了解手续费属于增值税和所得税的应税收入。通过明确了解这些规定，企业可以确保正确处理三代相关的税务问题，并合规地进行税务操作。
