使用综合平衡法时，处理不确定性和风险是非常重要的。首先，需要对不确定性进行风险评估和分析，可以采用常见的风险管理工具，如风险矩阵、风险登记册等，对可能出现的不确定因素进行分类和评估。其次，可以利用情景分析和模拟方法，通过构建多种可能的情景和模拟不同的决策方案，来评估不同风险下的综合平衡方案的效果。另外，可以采取风险分散的策略，通过多样化投资或多样化决策方案，来降低整体风险。最后，在实际操作中，可以设置预警机制和应急预案，及时应对不确定性因素带来的风险。
举个例子，假设一个公司要进行新产品开发的投资决策，面临市场需求不确定、技术风险等不确定因素。在使用综合平衡法进行决策时，可以利用市场调研数据和专家意见来评估市场需求的不确定性，采用技术可行性分析来评估技术风险，然后通过情景分析和模拟方法，构建不同市场需求和技术风险情景下的投资回报情况，找到最优的投资方案。同时，可以考虑投资组合的方式，将资金分散投资到多个新产品项目中，降低整体的市场和技术风险。最后，建立市场需求预警指标和技术风险防范机制，及时调整投资策略，以降低不确定性带来的风险。
综合平衡法处理不确定性和风险时，需要综合运用风险评估工具、情景分析、模拟方法、风险分散策略和预警机制，以便在不确定的环境中做出更为可靠的决策。