商住两用房过户税费计算方法如下：
1、买房人应缴纳税费：契税，房款的1.5%。印花税，房款的0.05%。交易费，3元/平方米。测绘费，1.36元/平方米。权属登记费及取证费，一般情况是在200元内。
2、卖房人应缴纳税费：印花税，房款的0.05%。交易费，3元/平方米。增值税，全额的5.5%。个人所得税，房产交易盈利部分的20%或者房款的1%。
商住两用房与住宅的区别
1、未来使用费用不确定。前者如按公建用途规定，他的水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。2、相关税费的差异。普通住宅项目初次购买和未来转让时契税为1.5%，而商住两用房50年产权的住宅，其契税按3%缴纳。
3、贷款条件的限制。购买此类房屋大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。
4、建设标准不同。如果按照公建相关要求，前者的人防和消防等建设标准较高，对开发商而言，成本将提高。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第三百五十九条 住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定;没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。
《中华人民共和国契税法》
第一条 在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税。
第二条 本法所称转移土地、房屋权属，是指下列行为：
（一）土地使用权出让；
（二）土地使用权转让，包括出售、赠与、互换；
（三）房屋买卖、赠与、互换。
前款第二项土地使用权转让，不包括土地承包经营权和土地经营权的转移。
以作价投资（入股）、偿还债务、划转、奖励等方式转移土地、房屋权属的，应当依照本法规定征收契税。