（一）明显实质性缺陷的审查。
应当审查的明显实质性缺陷包括：申请发明专利的主题是否明显不属于专利法及其实施细则所规定的发明，申请发明专利的主题是否明显违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益，申请发明专利的内容是否明显属于不授予专利权的范围，申请是否明显不符合发明单一性的规定，初步审查中审查员为了公布申请的目的而要求申请人修改其申请时，申请人提出的修改是否明显超出原说明书和权利要求书记载的范围，说明书和权利要求书的撰写是否明显不符合有关规定。
初步审查中原则上不审查实质问题。上面所述的实质性缺陷应当以＂明显＂并影响公布为限。
（二）对申请主体及代理事项的审查。
（三）审查申请人提交的申请文件和其他与专利申请有关的文件是否符合专利法及其实施细则规定的形式要求。
（四）对某些特殊专利申请的审查。
对属于分案申请或者涉及需要保藏的生物材料的申请进行的专门审查等。
（五）其他问题的审查。
例如，国家知识产权局受理的涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交有关主管机构进行审查等等。
一、实质审查予以驳回的情况
实质审查予以驳回的情况，实质审查不能通过的情形有哪些
(1)申请的主题不是发明；
(2)申请的主题违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益；申请的主题属于不授予专利权的技术领域；
(3)申请的主题不具有新颖性、创造性和实用性；
(4)申请的主题不符合“对同样的发明创造只能被授予一项专利”的规定；
(5)申请人不是就该项发明首先提出的专利申请人；
(6)申请的说明书没有对发明创造作出清楚、完整的说明；申请的权利要求书没有以说明书为依据，说明要求专利保护的范围；
(7)申请的主题不符合对发明专利申请的单一性要求的规定；
(8)申请文件的修改或者分案的申请超出了原说明书或者权利要求书记载的范围。