法律分析：农村土地使用证没档案，首先，应该咨询土地管理局，如果系统中也没有档案的话可以找土地使用证可以找寻相关部门办理，准备好材料进行申请办理即可，如果是土地管理人员的疏忽问题可以选择进行上诉，或者选择重新提交材料进行申请
法律依据：《中华人民共和国土地管理法实施条例》
第三条 国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。土地登记资料可以公开查询。确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。
第四条 农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。