农村土地使用证补办流程：
1、向所在乡镇的土地管理所递交补办土地使用证的申请；
2、当地相关部门会派人前去核实自发证起房子是否保持现状及有没有扩建等情况；
3、相关部门核实确认后，需要登报说明遗失情况；
4、按当地土地管理所要求携带资料前去补办。
农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
二、农村土地使用证办理手续是怎样的？
1、申请
(1)由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
(2)提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。
2、调查
由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。
3、审核
先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。
4、审批
经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。