查干湖位于霍林河末端与嫩江的交汇处，属霍林河的堰塞湖泊。1984年之前，查干湖水源主要靠霍林河洪水，以及地表径流、深重涝区排水。霍林河下游前进水文站资料记载，1957～1964年，霍林河连年大水入查干湖，1960年9月份流量达到20m/s。1966～1970年，时有洪水进入，流量小，查干湖虽然缺水，但尚能维持。后由于霍林河上游先后建起罕嘎力、兴隆、胜利等水库，层层拦截蓄水，查干湖入湖水量减少。1971～1982年，霍林河水入湖基本断流。1984～20xx年，查干湖的主要水源为引松花江水(通过引松工程自流水和前郭灌区排水)，以及天然降水，霍林河、洮儿河来水、深重涝区排水、嫩江洪水倒灌等。湖区多年平均来水量为5.6610m，其中区域径流可利用量为3.5610m，前郭灌区每年泄水入湖量1.310m。根据1960、1969、1986、1998年水情综合分析，霍林河每隔20xx年左右会有一次大水入查干湖，洪水虽然会带来一定的危害，但对缓解旱情、抬高地下水位，增加蓄水和改善水质又是十分有利的。1986年，霍林河的洪水使查干湖最高水位一度升到131.23米，查干湖渔场场部岗下的20多户职工房屋被淹毁，场部通往外界仅有的一条路被水淹没而成为孤岛。1998年，查干湖接纳了霍林河、洮儿河及嫩江百年不遇的特大洪水，最高水位132.02米，蓄水最多时达18亿立方米，为泄洪，查干湖渔场被迫扒开粮店大坝长达近一年时间，渔业损失较大。