脊索动物门和脊椎动物亚门相近。脊椎动物亚门的动物的脊椎都包在肌肉里，是脊索动物门中最大和最先进的亚门。大多数种类的脊索只见于发育早期，以后即由单个的脊椎骨连接而成的脊柱所代替。因此脊索动物门和脊椎动物亚门相近。
脊索动物门是动物界最高等的一门，也是其发展得最成功的一类。
其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂。脊索动物包括尾索动物、头索动物和脊椎动物。
脊椎动物亚门除具脊索动物共同特征外，其他特征还有：出现明显的头部，中枢神经系统成管状，前端扩大为脑，其后方分化出脊髓。