劳动合同违约金一年5万是否合法，要根据双方协商的情况而定，劳动合同违约离职是需要支付支付违约金要看是否存在竞业限制或者保密义务的违约行为，《劳动合同法》第25条规定：“除本法第22条和第23条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。”即只有在规定约定服务期和竞业禁止的条件下才能约定由劳动者承担违约金。这是我国第一次从法律上比较明确规定劳动合同违约金的适用情况。违约金是指当事人在合同中约定或者由法律规定的，一方违约时向对方支付的一定数额的货币，是合同法中违约责任的一种主要形式。只在两种条件下才能约定由劳动者承担违约金。
一、劳动合同中违约金条款规定是什么
《劳动合同法》第25条规定，除本法第22条和23条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。其中，根据第22条的规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向想用人单位支付违约金。根据第23条的规定，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
也就是说，只有在两种情况下可以约定由劳动者承担违约金的条款：一是有专业技术培训；二是需保守商业秘密即有关竞业限制。除此之外，不能约定由劳动者承担违约金。因而，劳动者辞职时，用人单位如援引签订的劳动合同要求劳动者按约定承担违约金，除上述两种情况外，劳动者可以主张该约定无效而拒绝承担。
(1)用人单位为劳动者提供专项培训费用，并且约定了服务期
《劳动合同法》
第二十二条用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
(2)劳动者违反竞业限制约定
《劳动合同法》
第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、怎么在劳动合同内约定违约金？
在劳动合同中明确规定约定违约金赔偿的违约行为，违约金有法定违约金和约定违约金之分，劳动合同可用约定违约金。违约金在很大程度上是对劳动者不利的，所以法律规定了劳动合同中，只有以下两种情况才能约定违约金，这大大的保障了劳动者的合法权利。
（1）劳动者违反服务期约定要求提前解除合同的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。从此规定看，假如没有培训费就不能约定违约金。
（2）用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者可以约定离职后竟业限制条款，为保证这些约定能够执行可以约定违约金。
除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担的违约金。