1、因为地黄生产主要用块根繁殖，由于长期用块根作无性繁殖材料，组织容易衰老，生活力减弱。所以第二年会出现退化，越种块根越小，产量年年下降。
2、病原菌累积严重，病虫害发生频繁，逐渐加重。尤其是土传病害不断发生，如十字花科的软腐病、菌梗病；茄果类的枯萎病、根腐病、立枯病；瓜类的猝倒病、疫病、枯萎病，已成为生产的主要威胁。
3、土壤变劣造成土壤微生物活性降低，养分分解作用下降；作物酶活性降低，细胞分裂减缓，膜结构遭破坏，从而影响矿物质元素的吸收运输。 土壤含盐量及PH失衡随栽培年限的延长而加重，并逐渐向表层聚集，造成表土层板结、理化性恶化，PH值增高，影响作物对养分的吸收。