三祖寺的建筑群，沿着凤形山的山势自下而上依次架造。从山门一直通向祖师殿，全都处在一道中轴线上。烧香礼佛，应从山门进入。三祖寺的山门，也叫三门殿。正门名“般若门”，即“智慧之门”;东边门名“解脱门”，意为摆脱烦恼业障的束缚而获得自由，也称“自由之门”;西边门名“精进门”，意指在去染滤净的修行过程中，要不懈地努力，也称“勤修之门”。门楣上，悬挂着全国佛教协会会长赵朴初题写的“乾元禅寺”匾额。
进了山门，大家看到殿堂两边，站立着5.5米高的“金刚力士”各一尊。佛教汉化后，这两尊像按《封神榜》中的“哼”、“哈”二将的形象来塑造的。
穿过山门殿，步上“通天阶”。三祖寺因山势陡峭，一路上去，有360级台阶。大家不妨从现在开始数一数，“通天阶”高差15米(60级)。
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