法律分析：不在一个户口本上，要证明父子关系，可以开出证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章就可以了。
法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》
第五条 户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
第六条 公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。
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